Conheça o NES, software livre para armazenar e compartilhar dados de neurociência do NeuroMat

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Por Karolina Bergamo

O Neuroscience Experiments System (NES) é uma ferramenta de código aberto desenvolvida pelo CEPID NeuroMat, que visa auxiliar os laboratórios de pesquisa em neurociência em procedimentos de rotina para a coleta de dados.

O NES suporta a reprodutibilidade de experimentos, armazena e permite a comparação de dados entre estudos. Além disso, promove formatos padronizados para experimentos e relatórios de análises.

1Um desafio científico quanto ao desenvolvimento dessa ferramenta é que as experiências de neurociência geram formatos de dados heterogêneos e metadados complexos e o NES – atualmente disponível na versão 1.10 – pretende fornecer um repositório unificado de dados e metadados de diferentes naturezas (sendo eles de natureza clínica, de imagem e comportamental).

Além disso, o NES pode gerenciar dados eletrofisiológicos de eletroencefalografias (EEG) e eletromiogramas (EMG), bem como realizar a integração desses dados com questionários eletrônicos preenchidos por cada participante no contexto de um protocolo experimental.

A construção do repositório unificado do NeuroMat possui pelo menos duas características distintivas relevantes. Em primeiro lugar, o NES permite a ligação do registro eletrônico em cada passo do protocolo experimental. Este recurso está associado ao objetivo de auxiliar os pesquisadores em sua coleta de dados ao longo de uma experiência de neurociência, fornecendo contas gerais e detalhadas do protocolo experimental. Isso apóia a verificação e reprodução dos resultados obtidos em investigações experimentais.

Em segundo lugar, o NES impõe um formato comum para a representação e armazenamento de dados produzidos no mesmo laboratório ou grupo de pesquisa, de modo que os dados são melhores e mais fáceis de serem anonimizados, compartilhados publicamente e reutilizados. Esse recurso melhora a capacidade de consulta e análise de dados.

A comunidade neurocientífica geralmente concorda que uma visão uniforme dos dados experimentais é essencial para efetivamente progredir na compreensão do cérebro. No entanto, isso ainda não é totalmente possível nos bancos de dados de neurociência disponíveis publicamente hoje.

Uma referência na literatura sobre o assunto é o artigo de Koslow: “Deve a comunidade de Neurociência fazer uma mudança de paradigma para compartilhar dados primários?”, publicado na revista Nature Neuroscience, em 2000.

O desenvolvimento da ferramenta computacional do NeuroMat foi feito no contexto da intensa revisão de diretrizes e modelos mais amplamente utilizados pelos neurocientistas na representação e armazenamento de dados experimentais.

São exemplos de dados mantidos pelo NES: informação sobre os cientistas responsáveis pelo experimento e pela coleta de dados e a descrição dos grupos de participantes (quem); os tipos de coleta de dados realizada (o que); os detalhes do protocolo experimental usado na coleta de dados primários (como); a data-hora de início/término para a coleta de dados, as informações sobre as condições experimentais às quais os grupos de sujeitos são submetidos, quais tarefas estão executando e quais estímulos estão aplicando (que); surgiram a partir do estudo dos dados coletados.

Os cientistas também podem registrar detalhes adicionais para cada voluntário do experimento, como as informações sobre sua história clínica e dados sociodemográficos.

No processo de seu desenvolvimento, o NES foi comparado às ferramentas mais usadas para controlar dados das experiências na neurociência. O uso de NES se tornou acessível pelo lançamento de um passo a passo e de tutoriais on-line. Clique aqui e veja um vídeo que fornece uma breve introdução ao NES e suas funcionalidades.

Texto elaborado com base no conteúdo produzido pelo CEPID Neuromat disponível aqui, em inglês.

 

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